Molecular epidemiology and phylogenetic analysis of human papillomavirus infection in women with cervical lesions and cancer from the coastal region of Ecuador / Epidemiología molecular y análisis filogenético de la infección por el virus del papiloma humano en mujeres con lesiones cervicales y cáncer en la región litoral del Ecuador

The aim of the present study was to gather information regarding the molecular epidemiology of Human papillomavirus (HPV) and related risk factors in a group of women with low- and high-grade cervical lesions and cancer from the coastal region of Ecuador. In addition, we studied the evolution of HPV variants from the most prevalent types and provided a temporal framework for their emergence, which may help to trace the source of dissemination within the region. We analyzed 166 samples, including 57 CIN1, 95 CIN2/3 and 14 cancer cases. HPV detection and typing was done by PCR-sequencing (MY09/MY11). HPV variants and estimation of the time to most recent common ancestor (tMRCA) was assessed through phylogeny and coalescence analysis. HPV DNA was found in 54.4% of CIN1, 74.7% of CIN2/3 and 78.6% of cancer samples. HPV16 (38.9%) and HPV58 (19.5%) were the most prevalent types. Risk factors for the development of cervical lesions/cancer were the following: three or more pregnancies (OR = 4.3), HPV infection (OR = 3.7 for high-risk types; OR = 3.5 for HPV16), among others. With regard to HPV evolution, HPV16 isolates belonged to lineages A (69%) and D (31%) whereas HPV58 isolates belonged only to lineage A. The period of emergence of HPV16 was in association with human populations (tMRCA = 91 052 years for HPV16A and 27000 years for HPV16D), whereas HPV58A preceded Homo sapiens evolution (322 257 years). This study provides novel data on HPV epidemiology and evolution in Ecuador, which will be fundamental in the vaccine era.

El objetivo del presente estudio fue aportar información sobre la epidemiología molecular del virus del papiloma humano (human papillomavirus [HPV]) y los factores de riesgo asociados al desarrollo de lesiones cervicales y cáncer en mujeres de la costa del Ecuador. Además, se estudiaron la evolución de las variantes de los HPV más prevalentes y el marco temporal de su emergencia, para ayudar a rastrear la fuente de dispersión en la región. Se analizaron 166 muestras, incluyendo 57 y 95 casos de neoplasia intraepitelial cervical tipo 1 (CIN1) y tipo 2/3 (CIN2/3), respectivamente, y 14 de casos de cáncer. La detección/tipificación de HPV se realizó por PCR-secuenciación (MY09/MY11). La caracterización de variantes y la datación del ancestro común más reciente (tMRCA) se realizaron mediante filogenia y coalescencia. Se encontró ADN de HPV en el 54,4% de las muestras de CIN1, el 74,7% de las muestras de CIN2/3 y el 78,6% de las muestras de cáncer. Los tipos HPV16 (38,9%) y HPV58 (19,5%) fueron los más frecuentes. Los factores de riesgo para el desarrollo de lesiones cervicales/cáncer fueron 3 o más embarazos (OR = 4,3) e infección por HPV (O = 3,7 para HPV de alto riesgo, OR = 3,5 para HPV16), entre otros. En cuanto a la evolución viral, los aislados del HPV16 pertenecían a los linajes A (69%) y D (31%), mientras que los aislados del HPV58 pertenecían únicamente al linaje A. El período de emergencia del HPV16 estuvo asociado a poblaciones humanas (tMRCA = 91.052 años para HPV16Ay 27.000 para HPV16D), mientras que el del HPV58A precedió a la evolución de Homo sapiens (322.257 años). Este estudio proporciona datos novedosos sobre la epidemiología y la evolución del HPV en Ecuador, los cuales serán fundamentales en la era de la vacuna.

Polimorfismo C677T del gen Metilentetrahidrofolato Reductasa como posible factor de riesgo materno para la presentación de síndrome de Down en la población guayaquileña / C677T Polymorphism of the Methylenetetrahydrofolate Reductase gene as a possible maternal risk factor for the presentation of Down syndrome in the population of Guayaquil

Objetivo: evaluar la presencia del polimorfismo C677T del gen de la enzima MTHFR como posible factor de riesgo materno para la presentación de síndrome de Down, en la población guayaquileña. Metodología: se realizó un estudio de casos y control que incluyó 51 madres de niños o niñas con síndrome de Down y 52 mujeres que tuvieron en su último embarazo un producto de cualquier sexo sano. Se recolectaron muestras de sangre venosa periférica entre los meses de diciembre 2010 y mayo 2011 posteriora lo que se realizó extracción de ADN y genotipificación del polimorfismo C677T del gen de la enzima MTHFR. Para el análisis estadístico se utilizó Chi cuadrado de Pearson (X2), odds ratio (OR) con intervalo de confianza de 95 por ciento (95 por cientoIC). Valores de p<0.05 fueron considerados estadísticamente significativos. Resultados: se incluyeron 51 mujeres madres de hijos/as con síndrome deDown y 52 madres control. La frecuencia del alelo T fue mayor en el grupo casos (X2=0.944, p=0.331). En el análisis simultáneo de las variantes genotípicas heterocigota y homocigota del gen MTHFR 677 (CT y TT) en los grupos casos y control, no se observó aumento de riesgo para el síndrome (OR=0.87 [IC 95 por ciento 0.34 – 2.20]; p=0.772). Conclusión: no se encontró relación entre la presenciadel polimorfismo C677T MTHFR y aumento en el riesgo materno para síndrome de Down. Es necesario realizar mayores investigaciones en la población ecuatoriana en general que determinen la asociación de diversos polimorfismos en diferentes genes.

Aim: to assess the presence of the C677T polymorphism of the MTHFR gene as a possible maternal risk factor for Down syndrome in the population of Guayaquil. Methodology: a case study and control research involving 51 mothers of boys and girls with Down syndrome and 52 women who delivered a healthy offspring of either sex in their last pregnancy. Venous blood samples were collected in the months of December 2010 and May 2011 after that, a DNA extraction and genotyping of the C667T polymorphismof the MTHFR gene were performed. Pearson’s Chi-squared test (X2), and odds Ratio (OR) with confidence interval of 95 percent (95 percent CI) were used for the statistical analysis. Values of p<0.05 were considered statistically significant. Results: 51 women mothers of sons / daughters with Down syndrome and 52 control mothers were included. The T-allele frequency was higher in the cases (X²=0.944, p:0.331). In the simultaneous analysis of heterozygous and homozygous genotype variant of MTHFR 667 (CTand TT) in the case and control groups, no risk increase for the syndrome (OR=0.87 [IC 95 percent 0.34 – 2.20]; p=0.772) was observed. Conclusion: no relationship was found between the presence of MTHFR C677T polymorphism and increased maternal risk for Down syndrome. It is necessary to perform further research on the general Ecuadorian population to determine the association of various polymorphisms in different genes.